En Fiocruz Pernambuco, se acaba de desarrollar una metodología que pretende simplificar y agilizar, además de volver más económico, el seguimiento de las variantes del nuevo coronavirus. Se basa en una técnica que ya es ampliamente utilizada, disponible en Brasil y en el mundo: el método de Sanger, también conocido como secuenciación por electroforesis capilar. El artículo con este hallazgo ya está disponible en línea como una preimpresión en la plataforma MedRxiv.
La prueba fue preparada por el equipo de Fiocruz PE, que realiza el monitoreo de nuevas variantes del SARS-CoV-2 en el estado de Pernambuco. Para ello, fue utilizada infraestructura y tecnología de última generación disponibles en el Laboratorio de Bioseguridad Nivel 3 (NB3) y en el Núcleo de Plataformas Tecnológicas (NPT) de la institución. El trabajo es realizado a partir de muestras proporcionadas por Lacen/PE, por encargo del Departamento de Salud del Estado de Pernambuco (SES/PE). El grupo también integra la Red de Monitoreo Genómico de Covid-19 de la Fundación Oswaldo Cruz.
Este trabajo adquiere mayor relevancia al observar la aparición y propagación de nuevas variantes y el agravamiento de la pandemia en Brasil y el resto del mundo. La explosión de casos de Covid-19 observada en todo Brasil en marzo, por ejemplo, está relacionada con la variante P.1, identificada inicialmente en el estado de Amazonas y que se ha extendido rápidamente por todo el país.
"Es muy importante que el P.1, así como todas las demás variantes del nuevo coronavirus, sean monitoreadas continuamente. Estos datos son fundamentales para la lucha contra la enfermedad, tanto desde el punto de vista epidemiológico, como en la adaptación de nuevas vacunas y pruebas diagnósticas", destaca el técnico en Salud Pública de Fiocruz PE, Matheus Figueira Bezerra, autor principal del artículo. La publicación tiene como coautores a otros profesionales y una estudiante de posgrado en Biociencias y Biotecnología en salud, todos pertenecientes a la institución: los investigadores Gabriel Wallau (Entomología y Bioinformática), Marcelo Paiva (Entomología), Cássia Docena (NPT), Sinval Brandão Filho (Inmunología), Constância Ayres (Entomología), la técnica Viviane Carvalho (NPT) y la estudiante de doctorado en Biociencia y Biotecnología en Salud Laís Ceschini Machado.
La secuenciación completa del genoma viral es considerada hoy en día el test de referencia (o gold standard) para la identificación de estas nuevas variantes. El estudio señala que este método tiene una ejecución compleja, presentando algunas dificultades cuando se aplica en la vigilancia epidemiológica de la pandemia. El costo por muestra es alto, especialmente en un momento en que la moneda brasileña está devaluada. La cantidad de laboratorios en Brasil (y en el mundo) que tienen un secuenciador de nueva generación no es suficiente para satisfacer la demanda actual. El procedimiento para realizar la secuenciación completa del genoma viral requiere mucho tiempo y la interpretación de los resultados es compleja. Por ello, es necesario el trabajo de profesionales especializados en bioinformática y el uso de computadoras con alta capacidad de procesamiento de datos, por lo que los resultados tardan hasta semanas en estar listos. Aunado a eso, los proveedores usados carecen de algunos elementos necesarios para la secuenciación debido a la alta demanda, lo que dificulta el trabajo de los investigadores.