A formalização de cada projeto é feita por meio de convênios, contratos, acordos ou outros ajustes por prazo determinado, fundamentados no inciso XIII do art. 24 da Lei nº 8.666/93. Também há a possibilidade, prevista no art. 1º- A da Lei nº 8.958/94, de que a Financiadora de Estudos e Projetos (Finep), como a secretaria executiva do Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (FNDCT), o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e as Agências Financeiras Oficiais de Fomento realizem convênios e contratos, nos termos do inciso XIII do art. 24 da Lei nº 8.666/93, por prazo determinado, com as fundações de apoio, com finalidade de dar apoio às IFEs, inclusive na gestão administrativa e financeira dos projetos, com a anuência expressa das instituições apoiadas.

As fundações de apoio devem:

• Observar a legislação federal que institui normas para licitações e contratos da administração pública, referentes à contratação de obras, compras e serviços;

• Prestar contas dos recursos aplicados aos órgãos públicos financiadores;

• Submeter-se ao controle finalístico e de gestão pelo órgão máximo da IFE ou similar da entidade contratante;

• Submeter-se à fiscalização da execução dos contratos pelo Tribunal de Contas da União (TCU) e pela Controladoria-Geral da União (CGU).

Projetos de ensino: os projetos de ensino que podem ser apoiados pela fundação de apoio são os cursos para os quais não é vedada a cobrança de taxas de matrícula e mensalidades.

Projetos de pesquisa: os projetos de pesquisa têm como principal objetivo a produção de novos conhecimentos indissociada do ensino e da extensão, logo, podem ser enquadrados como projetos de pesquisa apoiados por fundações de apoio aqueles que tenham os seguintes resultados: criações, inovações, pesquisas financiadas por agências de fomento, monografias, dissertações, teses e publicações classificadas pela Comissão Qualis Periódicos da Capes. Entende-se por criação e inovação os conceitos estabelecidos pela Lei nº 10.973/2004.

Projetos de extensão: os projetos de extensão têm como principal objetivo a prestação de serviços à comunidade indissociada do ensino e da pesquisa, logo, não podem ser enquadrados como projetos de extensão apoiados por fundações de apoio toda e qualquer prestação de serviço oferecida pela IFE, mas apenas aquelas resultantes da criação cultural e da pesquisa científica e tecnológica geradas na IFE.

Desenvolvimento institucional, científico e tecnológico: como previsto na Lei nº 8.958/94, entende-se pelos programas, projetos, atividades e operações especiais, inclusive de natureza infraestrutural, material e laboratorial, que levem à melhoria mensurável das condições das IFEs, para o cumprimento eficiente e eficaz de sua missão, conforme descrita no Plano de Desenvolvimento Institucional, vedada, em qualquer caso, a contratação de objetos genéricos, desvinculados de projetos específicos.

Na Fiotec esses projetos são divididos em:

Projeto de desenvolvimento institucional: aqueles que levem à melhoria mensurável das condições da instituição apoiada para o cumprimento da sua missão institucional, devidamente consignados em plano institucional aprovado pelo órgão superior da instituição e nos termos do que dispõem o §1º e o § 2º do Art. 1º da Lei nº 8958, de 1994;

Projetos de desenvolvimento tecnológico: atividades que visem a aplicação de novos conhecimentos relacionados à tecnologia, com resultados práticos visíveis, podendo gerar novos produtos, serviços ou processos;

Projetos de estímulo à inovação: atividades com vistas à introdução de novidade ou aperfeiçoamento no ambiente produtivo e social que resulte em novos produtos, serviços ou processos, ou que compreenda a agregação de novas funcionalidades ou características a produto, serviço ou processo já existente que possa resultar em melhorias e em efetivo ganho de qualidade ou desempenho.

As fundações de apoio na realização da gestão de projetos das IFEs e ICTs podem firmar acordos, contratos ou convênios com outras entidades (públicas ou privadas), além da instituição por ela apoiada, nos moldes da legislação específica ou de seu estatuto (Arts. 1º-A e 1º-B da Lei nº 8.958/94). No caso da Fiotec, o apoio é exclusivo à Fiocruz, com relação declarada em seu documento instituidor.

No caso da Fiotec:

• Lei nº 10.406 de 10 de janeiro de 2002 | Código Civil Brasileiro, artigos 62/69;

• Lei nº 8.958 de 20 de dezembro de 1994 |Dispõe sobre as relações entre as instituições federais de ensino superior e de pesquisa científica e tecnológica e as fundações de apoio, além de outras providências;

• Decreto nº 7.423 de 31 de dezembro de 2010 | Regulamenta a Lei nº 8.958 de 20 de dezembro de 1994, que dispõe sobre as relações entre as instituições federais de ensino superior e de pesquisa científica e tecnológica e as fundações de apoio, e revoga o Decreto nº 5.205, de 14 de setembro de 2004;

• Convênio nº 185 assinado em 17 de outubro de 2016 | Estabelece e regula as formas e condições pelas quais Fiocruz e Fiotec reúnem seus esforços, recursos e competências para desenvolvimento das atividades de interesse mútuo;

• Decreto nº 8.241 de 21 de maio de 2014 | Regulamenta o Art. 3º da Lei nº 8.958 de 20 de dezembro de 1994, para dispor sobre a aquisição de bens e contratações de obras e serviços pelas fundações de apoio;

• Decreto nº 8.240 de 21 de maio de 2014 | Regulamenta os convênios e os critérios de habilitação de empresas referidos no Art. 1º-B da Lei nº 8.958, de 20 de dezembro de 1994;

• Lei nº 8.010 de 29 de março de 1990 | Dispõe sobre importações de bens destinados à pesquisa científica e tecnológica, e dá outras providências;

• Portaria Interministerial nº 977 de 24 de novembro de 2010 | Dispõe sobre a simplificação de procedimentos para a importação de bens destinados à pesquisa científica e tecnológica;

• Lei nº 10.964 de 28 de outubro de 2004 | Dá nova redação a dispositivos das Leis de nº 8.010, de 29 de março de 1990, e 8.032, de 12 de abril de 1990, para estender a cientistas e pesquisadores a isenção tributária relativa a bens destinados à pesquisa científica e tecnológica, e dá outras providências;

• Lei nº 10.973 de 2 de dezembro de 2004 | Dispõe sobre incentivos à inovação e à pesquisa científica e tecnológica no ambiente produtivo, e dá outras providências;

• Decreto nº 9.283 de 7 de fevereiro de 2018 | Regulamenta a Lei nº 10.973, de 2 de dezembro de 2004, a Lei nº 13.243, de 11 de janeiro de 2016, o Art. 24, § 3º, e o Art. 32, § 7º, da Lei nº 8.666, de 21 de junho de 1993, o Art. 1º da Lei nº 8.010, de 29 de março de 1990, e o Art. 2º, caput, inciso I, alínea g, da Lei nº 8.032, de 12 de abril de 1990, e altera o Decreto nº 6.759, de 5 de fevereiro de 2009, para estabelecer medidas de incentivo à inovação e à pesquisa científica e tecnológica no ambiente produtivo, com vistas à capacitação tecnológica, ao alcance da autonomia tecnológica e ao desenvolvimento do sistema produtivo nacional e regional;

• Lei nº 12.527 de 18 de novembro de 2011 | Regula o acesso a informações previsto no inciso XXXIII do Art. 5º, no inciso II do § 3º do Art. 37 e no § 2º do Art. 216 da Constituição Federal, e dá outras providências;

• Decreto nº 35.606 de 15 de maio de 2012 | Regula, em âmbito municipal, a Lei de Acesso a Informações – Lei Federal nº 12.527, de 18 de novembro de 2011;

• Portaria Interministerial nº 3.185 de 14 de setembro de 2004 | Regula o registro e o credenciamento das fundações de apoio no que se refere ao inciso III, do Art. 2º, da lei nº 8.958/94;

• Portaria Interministerial nº 475 de 1º de setembro de 2008 | Altera a Portaria Interministerial MEC/MCT nº 3.185, de 07 de outubro de 2004, que dispõe sobre o registro de credenciamento das fundações de apoio a que se refere o inciso III, do Art. 2º, da Lei nº 8.958/94;

• Portaria Interministerial nº 191 de 13 de março de 2012 | Disciplina o registro e credenciamento das fundações.