Establecida como una fundación privada sin fines de lucro con el objetivo de prestar apoyo a las funciones de educación, investigación, desarrollo institucional, científico y tecnológico, producción de insumos y servicios, información y gestión implementadas por la Fiocruz, según lo expresado en su Estatuto elaborado con base en lo que determina la Ley nº 8.958/1994, reglamentada por el Decreto nº 7.423/2010, la Fiotec actúa prestando servicios logísticos, administrativos y financieros, ofreciendo soluciones para colaborar con el desarrollo de las actividades de los proyectos.

La relación con la Fiocruz está declarada en el documento instituidor de la fundación de apoyo, dejando claro que la finalidad de la Fiotec es contribuir para que la institución apoyada continúe siendo la más grande institución en ciencia, tecnología e innovación en salud de América Latina, lo que representa la posibilidad latente de avances que beneficiarán a la población de Brasil y del mundo.

La adecuación legal del Estatuto, la renovación periódica de la acreditación ante el Ministerio de Educación (MEC) / Ministerio de la Ciencia, Tecnología, Innovación y Comunicaciones (MCTIC) y de otros acreditaciones, títulos y certificados evidencian el esmero en un trabajo que pueda potencializar los objetivos propuestos en cada proyecto.

La Fiotec también apoya proyectos que prestan servicios gratuitos a la población, por medio de su alianza con la Fiocruz, en las funciones de educación, investigación, desarrollo institucional, científico y tecnológico, producción de insumos y servicios, información y gestión. La actuación conjunta procura el alineamiento con la misión de la institución apoyada, de fortalecer y consolidar el Sistema Único de Salud (SUS) y contribuir a la promoción de la salud y de la calidad de vida de la población brasileña.

Son tres los órganos de administración y fiscalización de la Fiotec. Ellos cuentan con la participación de miembros de la Fiocruz que ayudan a garantizar el alineamiento de la conducción estratégica de ambas instituciones. Estos órganos le aseguran a la Fiotec eficacia y eficiencia en la ejecución de los proyectos. El Consejo Curador es el órgano de deliberación y orientación superior, compuesto por siete miembros, que son indicados por el presidente de la Fiocruz y refrendados por el Consejo Deliberativo de la Fiocruz. El Consejo Fiscal también es refrendado por el Consejo Deliberativo de la Fiocruz, pero su nominación parte de la Presidencia de la Fiotec, que nomina tres integrantes para fiscalizar la gestión económica y financiera de la institución. La Dirección Ejecutiva está formada por cuatro directores, que proporcionan un norte institucional. Uno de los directores es elegido como director ejecutivo, responsable de coordinar las actividades de la dirección.

La estructura organizacional de la Fiotec incluye, por lo tanto, a los Consejos Curador y Fiscal, la Dirección Ejecutiva, siete gerencias y dos asesorías, con el fin de calificar a la institución para su finalidad.

La sede de la Fiotec está localizada en Río de Janeiro, en el campus Expansión de la Fiocruz, facilitando la interlocución con los equipos de los proyectos. Con la intención de ampliar esta proximidad se cuenta, además, con una oficina localizada en Brasilia.